他也創作了西斯汀禮拜教堂側邊牆壁上緣的裝飾，而拉斐爾最大的對手-米開朗基羅的作品就緊鄰在旁。然而，拉斐爾並未採用壁畫式的風格，而是改以掛毯圍成一圈的形式描繪出十二使徒的生活。
這份在 1515 年到 1518 間創作的草圖如今也被收藏在倫敦，那些掛幕由Pieter van Aelst完成，其中 7 幅在 1519 年時被展示出來。
拉斐爾的「西斯汀禮拜教堂的聖母像」是提及文藝復興時期，相當被人津津樂道和喜愛的作品之一。對許多人來說，它是一個保存西方畫作風格極重要的範例，它的聲譽決不亞於蒙娜麗莎的微笑。
所有替這畫作寫評論的人都會提到聖母和耶穌那奇怪、令人不解的表情。多數的解釋都認為這是「畫作中令人誤解的構圖」，但許多專家仍投注於此問題。
著名畫家及作家，像是Goethe. Runge. Schlegel. C. G. Carus. Hebbel. Schopenhauer and R. A. Schröder(只提幾個德籍評論家)，更別提大批的歷史學家，都曾經試著去詮釋這畫作，其他人也一再的堅持己見。Grillparze亦是如此，他說：「有多少人都希望能探索出這畫作中的秘密」。
Schopenhauer認為耶穌是受驚嚇的表情；但戲劇家Hebbel認為:「嬰兒他是渴望的，牙齒緊咬，眼神是熾烈的」古時候，聖父的食指幾乎總是被解釋成指著那些讚揚蒙大拿的朝聖者。
因此他也解釋著聖母與聖嬰正在看著朝聖者，但這也引起了個謎題：為什麼聖母看起來如此的不安？為什麼聖嬰一頭亂髮、呆若木雞的瞪著外面，縮著他的背呢？拉斐爾為位在 Piacenza 的 S. Sisto 的高聖壇作這幅畫。
這小鎮在 1512 年成為凡蒂岡的管轄後，這畫作曾短暫的出現。有人認為教宗 Pope Julius II 的肖像，在 figure of St. Sixtus 中的左側，正看著聖母瑪利亞和指著朝聖者。
直到最近，圍繞著這畫作的問題終於揭曉，A. Prager 近來的研究表示，解謎的關鍵就在於這項祭壇裝飾品本來擺設的位置。再次看這令人迷惑的問題:到底教宗、聖母、聖嬰在指的和看的是什麼?謎底不但令人震驚但也相當有說服力。
一直以來，人們都遺忘了一如其他教堂 S. Sisto 這樣聖壇擺設品的對面，在有耶穌像的十字架上方，遠遠的映入眼簾的就是十字架。聖母和聖嬰驚嚇和困擾的表情，就是他們看見死亡的回應。
值得一提的是，在成功的揭曉謎底前，提出最相近答案的不是個美術史學家，而是作家R. A. Schröder。他認為寫在聖嬰臉上最深的恐懼代表著「在臨死之前.最駭人的就是死亡本身」。
